2026년 다주택자 종부세 기준 5가지, 9억 공제부터 3주택 세율까지

요즘 사무실에 종부세 문의가 다시 늘었습니다. 예전처럼 집값만 보고 겁부터 내는 분도 있고, 반대로 “2주택이면 이제 별거 없다던데요” 하고 너무 가볍게 보는 분도 있습니다. 그런데 실무에서는 둘 다 위험합니다. 종부세는 집값이 아니라 공시가격, 세대가 아니라 사람별 합산, 그리고 6월 1일 보유 여부에서 갈립니다.

이 글은 2026년 적용 기준으로 씁니다. 국세청의 2026년 종합부동산세 안내 기준을 바탕으로 했고, 이후 세법 개정이나 시행령 변경이 있으면 실제 고지 전에는 다시 확인해야 합니다.

1. 다주택자 종부세는 공시가격 9억 원부터 본다

다주택자 주택분 종부세 기준은 기본적으로 인별 공시가격 합계 9억 원 초과입니다. 여기서 많이 틀리는 부분이 “시세 9억”이 아니라는 점입니다. 아파트 매매가가 12억이어도 공시가격이 8억 8천만 원이면 그 사람 명의 기준으로는 주택분 종부세 과세표준이 나오지 않을 수 있습니다.

2026년 주택분 과세표준 계산은 이렇게 봅니다.

• 주택분 과세표준 = 전국 합산 공시가격에서 공제금액을 뺀 금액 × 60%
• 다주택자 일반 기본공제: 9억 원
• 요건을 갖춘 1세대 1주택자 기본공제: 12억 원
• 법인 보유 주택: 원칙적으로 기본공제 0원

예를 들어 본인 명의로 공시가격 6억 원 주택과 5억 원 주택을 갖고 있다면 합계는 11억 원입니다. 여기서 9억 원을 빼면 2억 원이고, 여기에 공정시장가액비율 60%를 곱해 과세표준은 1억 2천만 원이 됩니다. 실제 세액은 세율, 재산세 중복분 공제, 세부담상한 등을 거쳐 계산됩니다.

2. 2주택 이하와 3주택 이상은 세율 구간이 다르다

2026년 기준으로 2주택 이하 주택분 종부세 세율은 과세표준에 따라 0.5%부터 2.7%까지입니다. 3주택 이상은 낮은 구간은 같지만, 과세표준이 커질수록 세율이 더 올라가 최대 5.0%까지 적용됩니다.

2주택 이하 세율

• 3억 원 이하: 0.5%
• 6억 원 이하: 0.7%
• 12억 원 이하: 1.0%
• 25억 원 이하: 1.3%
• 50억 원 이하: 1.5%
• 94억 원 이하: 2.0%
• 94억 원 초과: 2.7%

3주택 이상 세율

• 3억 원 이하: 0.5%
• 6억 원 이하: 0.7%
• 12억 원 이하: 1.0%
• 25억 원 이하: 2.0%
• 50억 원 이하: 3.0%
• 94억 원 이하: 4.0%
• 94억 원 초과: 5.0%

실무에서 자주 보는 오해가 있습니다. “3주택이면 무조건 5%”라고 생각하는 겁니다. 아닙니다. 3주택 이상이라도 과세표준 구간별 누진세율을 봅니다. 다만 25억 원 이하 구간부터 2주택 이하보다 세율 차이가 벌어집니다.

3. 기준일은 12월이 아니라 6월 1일이다

종부세 고지는 보통 11월 말에서 12월에 체감됩니다. 그래서 12월에 집을 팔면 올해 종부세가 줄어드는 줄 아는 분들이 있습니다. 그런데 종부세 과세기준일은 매년 6월 1일입니다. 2026년 종부세는 2026년 6월 1일 현재 보유한 주택을 기준으로 봅니다.

예를 들어 2026년 6월 2일에 주택을 팔았다면 올해 종부세 기준일에는 보유자입니다. 반대로 2026년 6월 2일에 샀다면 올해 종부세 기준일에는 그 주택을 보유한 것으로 보지 않습니다. 하루 차이인데 세금에서는 꽤 큽니다.

계약일도 헷갈립니다. 보통 취득과 양도 시점은 잔금일과 등기접수일 중 빠른 날을 봅니다. 매매계약서 작성일만 보고 판단하면 안 됩니다. 사무실에서도 5월 말 잔금, 6월 초 등기 같은 자료는 꼭 날짜를 다시 봅니다.

4. 부부 공동명의와 단독명의는 계산 출발점이 다르다

종부세는 인별 과세입니다. 부부가 공동명의로 갖고 있으면 지분별 공시가격을 각자에게 나누어 합산합니다. 그래서 같은 집이라도 단독명의인지 공동명의인지에 따라 과세 여부와 세액이 달라질 수 있습니다.

다만 공동명의가 항상 유리하다고 말하면 곤란합니다. 1세대 1주택 단독명의는 12억 원 공제와 고령자·장기보유 세액공제를 받을 수 있습니다. 반면 공동명의는 각자 9억 원씩 계산되는 구조가 유리할 때가 있지만, 특례 선택 여부에 따라 결과가 달라집니다. 특히 1주택 공동명의는 단순히 “둘이니까 18억까지 무조건 끝”처럼 보면 놓치는 부분이 생깁니다.

다주택자는 더 현실적으로 봐야 합니다. 남편 명의 2채, 아내 명의 1채라고 해서 한 사람에게 3주택 세율이 바로 적용되는 구조와는 다릅니다. 종부세는 인별 합산이므로 각자 명의의 주택 수와 공시가격을 따로 봅니다. 하지만 세대 기준으로 판단하는 특례나 다른 세목까지 같이 보면 이야기가 달라질 수 있어, 종부세만 떼어 보고 명의를 옮기는 방식은 권하지 않습니다.

5. 합산배제와 특례는 기한을 놓치면 효과가 없다

다주택자 종부세에서 실제로 돈 차이가 나는 부분은 합산배제입니다. 임대주택, 사원용 주택, 미분양 주택 등 일정 요건을 갖춘 주택은 종부세 합산에서 빠질 수 있습니다. 그런데 요건이 생각보다 까다롭고, 등록만 했다고 자동으로 끝나는 것도 아닙니다.

임대주택 합산배제는 지자체 임대사업자등록, 세무서 주택임대업 사업자등록, 실제 임대 개시, 면적과 가액 요건, 임대료 증액 제한 같은 조건을 같이 봅니다. 하나만 빠져도 적용이 깨질 수 있습니다. 특히 임대료 5% 증액 제한을 가볍게 보다가 나중에 배제에서 제외되는 사례가 있습니다.

합산배제나 과세특례는 보통 9월 신고 기간에 챙깁니다. 국세청 안내문이 왔다고 안심할 일이 아닙니다. 안내문은 과세자료를 바탕으로 한 안내일 뿐이고, 실제 요건 충족 여부는 납세자가 확인해야 합니다. 실무에서는 등기부, 임대차계약서, 사업자등록 상태, 임대개시일, 임대료 변경 내역을 같이 맞춰 봅니다.

6. 납부는 12월 1일부터 15일까지, 분납 기준도 봐야 한다

2026년 종부세 납부기간은 매년 기준과 같이 12월 1일부터 12월 15일까지입니다. 고지세액이 크면 분납도 가능합니다. 농어촌특별세를 제외한 종부세가 250만 원을 초과하면 납부기한이 지난 날부터 6개월 이내에 나누어 낼 수 있습니다.

• 250만 원 초과 500만 원 미만: 250만 원을 넘는 금액 분납 가능
• 500만 원 초과: 세액의 50% 이하 금액 분납 가능
• 종부세에는 별도로 농어촌특별세가 붙을 수 있음

사실 종부세는 계산기 숫자만 믿고 끝내기 애매한 세금입니다. 재산세로 이미 낸 부분을 빼고, 세부담상한도 적용하며, 1세대 1주택자는 연령과 보유기간 공제까지 들어갑니다. 다주택자는 여기에 합산배제 여부와 주택 수 판단이 붙습니다. 그래서 저는 상담할 때 먼저 공시가격 확인서와 등기부, 임대차계약서부터 달라고 합니다.

무리하게 세금을 줄이는 방법보다 먼저 할 일은 기준일, 명의, 공시가격, 합산배제 요건을 틀리지 않는 겁니다. 다주택자 종부세는 큰 기술보다 기본 자료가 맞아야 계산도 맞습니다. 세금은 나중에 고지서 보고 놀라는 것보다, 6월 1일 전에 한 번 숫자를 맞춰 보는 쪽이 훨씬 덜 피곤합니다.